24 октября 2017 г. распоряжением Президента Российской Федерации №369-рп о поощрении Юрий Николаевич Малышев был награжден почетной грамотой Президента Российской Федерации за достигнутые трудовые успехи, активную общественную деятельность и многолетнюю добросовестную работу.

Академик РАН Юрий Николаевич Малышев — известный специалист и ученый, реформатор угольной отрасли, признанный лидер российского и международного горного сообщества – за свой долголетний плодотворный профессиональный путь удостоен многих званий и государственных наград: орденом «За заслуги перед Отечеством» III степени (1999 г.), орденом Почета (2010 г.), орденом «Дружбы народов» (2016 г.) и др.

Награждение Почетной грамотой Президента Российской Федерации — форма поощрения за заслуги перед государством. Повторное награждение Почетной грамотой Президента Российской Федерации не производится.